http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/mysqldump.html
visto che ci ho perso 10 minuti per ricordarmelo lo bloggo:
mysqldump -h host -u utente -ppassword nome_database > dumpfile.sql
aggiungendo alla riga -d si evita l’export dei dati, aggiungendo -t si evita l’export delle tabelle.